Saison 4

La fin du troisième :

Le Hokage n'arrive pas à absorber complètement l'âme de Orochimaru. Il ne veut pas mourir pour rien, et demande donc à la mort de prendre uniquement l'âme des bras. Orochimaru ne peut rien faire, et voit son ancien maître le priver de toutes ses techniques. Sandaïne est désormais prêt à mourir, et verse une dernière larme pour Orochimaru, avant de fermer les yeux pour la dernière fois. Les acolytes d'Orochimaru viennent le chercher, et s'enfuient de Konoha en échappant à l'unité Anbu.

L' Akatsuki :

Deux personnes, habillées étrangement, assomment un garde et passe la porte de Konoha ... Sur le toit de toit de l'académie, Sasuke repense à sa revanche.
Pendant ce temps, Naruto s'entraîne comme à son habitude dans la forêt. En rentrant, il tombe sur Konohamaru. Celui-ci est face aux visages des Hokage taillés dans la pierre. Il explique à Naruto que le village a subi beaucoup de dégâts, mais que tout le monde, y compris lui, travaille durement pour le remettre en état. Il arrive à un blanc, tout deux à observer la falaise. Konohamaru n'est pas triste, il n'a pas le temps pour ça, il veut faire honneur à son grand père. Il encourage Naruto dans son entraînement et retourne voir ses amis.
Au pays du vent, les ninjas de Suna retrouvent la dépouille du Kazekage. Baki, qui est présent, se rend compte alors de la manipulation d'Orochimaru dans l'attaque de Konoha.
Orochimaru est d'ailleurs mal en point. Après avoir perdu ses bras après son combat contre l'Hokage, il souffre la mort. Kabuto est là pour le rassurer, mais Orochimaru n'accepte pas le discours de celui-ci. La mission, même si le village n'a pas été détruit, a quand même été accomplie. Ils ont pu lui mettre la marque maudite, le Kubiwa. Orochimaru est déçu d'avoir sacrifier autant pour en arriver là. Il aurait aimé qu’Itachi Uchiwa se joigne à eux pour l'attaque, mais le fait qu'il soit plus fort pose un problème. C'est d'ailleurs pour ça qu'Orochimaru a quitté "l'organisation".

Asuma et Kureinai interceptent les deux personnes sur un pont de Konoha. Ils découvrent, à leurs plus grandes surprises, que les deux hommes sont loin d'être des inconnus. Il s'agit de Itachi Uchiwa, responsable du massacre des Uchiwa, et Kizame Hoshigaki, assassin présumé du Daymo du pays de l'eau et de la chute du pays. Ce sont deux criminels classés S, tout comme Orochimaru au passage, dans le "Livre Bingo". Itachi n'a pas le temps pour un combat, et demande à Asume et Kureinai de l'oublier. Mais c'est impossible vu le type de personne qu'il est. Après un long silence, le combat des quatre Ninja débutent. Asuma combat Kisame au corps à corps, mais ne comprend pas son manque de résistance face à certains coups. Kureinai lance alors sa technique d'illusion, immobilisant Kisame et emprisonnant Itachi dans un tronc d'arbre. Au moment de donner le coup de grâce, elle se retrouve à la place d'Itachi, qui a renversé l'illusion. Elle se libère de celle ci, mais se retrouve propulsée en dehors du pont, dans la rivière. C'est alors qu'une ombre familière interpelle Itachi dans son dos. Asuma continue son combat, mais s'il a le Sharingan, il ne fait pas parti des Uchiwa. Itachi active son Mangekyuu-Sharingan ...

"Genjutsu Tsukiyomi"
Kakashi se retrouve attacher à une croix avec Itachi muni d'un Katana en face de lui. Il enfonce plusieurs fois le Katana dans le corps de Kakashi. Le temps passe, et il se voit en plusieurs fois attachées à une croix. Le nombre d'Itachi a aussi augmenté, multipliant le nombre de souffrances.
Kakashi sort de cette état second, et s'écroule. Mais Kakashi les arrête en parlant de leur organisation secrète, l'Akatsuki. Quelques temps plutôt, Jiraya lui en avait parlé. Il pense qu'ils sont venus chercher Sasuke. Itachi lui répond qu'ils sont venus chercher l'héritage du 4ème Hokage. Kakashi comprend tout de suite qu'il s'agit de Naruto. Connaissant leur secret, ils ne peuvent pas laisser ces ninjas de Konoha en vie. Kisame va pour achever le groupe, mais Gaï intervient juste à temps. La situation devient plus compliqué, surtout face à quelqu'un qui a l'habitude de se battre un possesseur du Sharingan (NDLR : Kakashi et Gai se battant en rivaux depuis un sacré bout de temps). Les deux assassins préfèrent prendre la fuite.

Jiraya essaye de convaincre Naruto de l'accompagner dans son voyage, mais celui-ci n'est pas motivé. Il essaye tout ce qui peut motiver un homme, comme de belles filles. Mais Naruto ne réagit que quand celui-ci parle d'une technique plus puissante que le Chidori. Naruto court rassembler ses affaires pour ce préparer au voyage. Peu de temps après, Jiraya et Naruto sont prêts pour l'aventure.
Itachi et Kisame partent à la recherche de Naruto, mais le fait qu'il soit accompagné par Jiraya leur pose problème. Ils doivent d'abord récupérer des forces avant de passer à l'action.
Au village, Sakura a appris que c'est Naruto qui l'a sauvé. Elle décide donc d'apporter un présent à Naruto et Sasuke. Sasuke s'entraîne jour et nuit pour se surpasser. Il ne supporte pas sa défaite face à Gaara, et encore moins que Naruto est réussi à le vaincre.
Après son entraînement, Sasuke passe voir Kakashi, mais surprend la conversation qui a pour sujet Itachi qui recherche...Naruto. Il est comme pétrifié, et part de la pièce les yeux remplis de vengeance. Il court à corps perdu pour retrouver Naruto, mais tombe sur Sakura en arrivant chez lui, mais celle-ci ne le trouve pas. Il part de suite au restaurant de Ramen où il apprend qu'il est parti en voyage avec Jiraya.

L’entrainement avec Jiraya :

Naruto et Jiraya arrivent dans une ville, et décident de faire une pause tourisme. Cela n'intéresse pas Naruto qui préfère aller dans sa chambre d'hôtel à étudier ses techniques. Sasuke arrive enfin dans la ville et recherche Naruto dans tous les hôtels. Il croit les avoir enfin trouvé et frappe à la porte. Naruto se lève pour ouvrir. Sasuke s'aperçoit qu'il ne s'agit pas de Naruto. De son côté, le vrai Naruto se retrouve face à face avec Itachi Uchiwa.
Sasuke toujours à la recherche de Naruto, repense au massacre des Uchiwa.
Plus énervé que jamais, il court à travers la ville…
Naruto tremble de peur, ne comprenant pas bien qui sont les personnes en face de lui. Kisame propose de lui couper une jambe ou un bras pour faciliter le transport de celui-ci. Naruto tétanisé par la peur, ne réagit même pas. C'est à ce moment là que Sasuke arrive. Il a enfin devant lui l'assassin de son clan. Quand Itachi le présente comme son frère à Kisame. Naruto comprend alors que la personne que Sasuke a toujours voulu tuer, n'est d'autre que son frère. Sasuke prépare son assaut avec un "Super" Chidori, si puissant qu'il déchire la peau de son bras. Il fonce sur son frère, mais celui-ci contre l'attaque sans mal. Naruto ne comprend pas comment Itachi a pu arrêter si facilement le Chidori, et concentre son chakra pour venir en aide à Sasuke. Itachi et Kisame réagissent devant le chakra de Kyubi et mettent Sasuke hors course en lui cassant le bras. Naruto prépare la technique d'invocation de Gamabunta, mais Kisame lui absorbe le Chakra avec son épée Samehada. Il décide alors que lui couper un bras pour ne plus être embêté. Mais Jiraya intervient juste à temps.
Après son Show de présentation, Jiraya se retrouve face à face avec Itachi et Kisame. Itachi comprend alors d'où Kakashi tenait les informations sur l'organisation Akatsuki. Sasuke se relève alors, et demande à Naruto et Jiraya de ne pas intervenir pendant son combat.
Sasuke fonce sur son frère, mais celui ci le bat en un coup. Sasuke ne comprend pas pourquoi il est toujours aussi faible par rapport à son frère. Itachi l'enchaîne de coups pour lui prouver sa supériorité. Il lance finalement le Mange-Sharingan pour refaire vivre à Sasuke le massacre des Uchiwa pendant 24 heures. Sasuke tombe inconscient.
Jiraya lance alors une technique qui les enferme dans l'estomac d'un crapaud, avec aucun moyen de sortir. Itachi et Kisame essayent de prendre la fuite, mais Jiraya sait que personne ne peut s'échapper. Pourtant, un grand bruit raisonne. Jiraya et Naruto vont à l'origine du bruit. Itachi et Kisame ont réussi à percer le mur dit indestructible. Des flammes noires entourent le trou. Jiraya n'en revient pas et se dépêche de sceller ses flammes inconnues.
Maintenant échappés, ils annulent le Jutsu et vont récupérer Sasuke qui est tombé dans le coma. C'est alors qu'un adversaire attaque Jiraya avec un gros coup de pied. Il s'avère que ce n'est autre que Gaï qui l'avait pris pour un ennemi. Profitant de la présence de Gaï, il demande à celui-ci de ramener Sasuke à l'hôpital de Konoha. Vu tous les Ninjas blessés, Gaï aurait aimé que la grande guérisseuse soit là. Jiraya explique alors qu'ils étaient justement partis chercher cette personne qui porte le nom de Tsunade...